Vì tương bần được làm theo cách truyền thống (ủ trong chum) và dùng mốc để ủ nên có các nhà khoa học lo ngại vì trong thành phần của tương có tận hai loại nấm trong thành phần của mốc dùng làm tương là Aspergillus Oryzae và Aspergillus Flavur, với Aspergillus Oryzae là nấm tốt men cao trong khi Aspergillus Flavur lại sinh ra độc tố Aflatoxin (có thể gây tổn thương hệ thần kinh trung ương, tim, phổi, và sinh ra một số chất độc hại khác). Vấn đề vệ sinh ở đây là phải phải tách riêng và loại bỏ nấm Aspergillus Flavur. Đến nay vẫn chưa có công trình nào nghiên cứu chính thức về vấn đề này.[2]